实验室实行人、财、物相对独立的行之有效的科学管理体制和“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。

（1）明确“人才强室”的实验室管理的指导思想。尊重人才及其创造性，提倡开拓、创新、求实与奉献的精神，支持不同学科间的交叉，容纳不同的学术观点，大力培养青年科技人才。实验室不仅对桂林的科研院所开放，而且积极创造条件对外开放，积极参与国内外合作与学术交流，邀请国内外知名学者担任实验室的兼职教授或学术顾问，派留学人员合作进行科学研究，联合培养人才。

（2）实行实验室主任责任制，落实各类人员岗位职责及各项实验室管理等制度。实验室主任负责全面工作，一名副主任负责实验室发展规划、国内外合作、成果申报、引进人才、学术交流等；一名副主任负责研究平台建设、仪器购置维修与技术培训、访问学者工作、规章制度督查等；实验室秘书负责项目管理、成果收集、年报、学术委员会事务等；各专门实验室设专人负责仪器操作与维护、指导学生、安全卫生等。同时，实验室充分发挥学术委员会的学术领导作用，重大事项如研究方向、研究成果评审等由学术委员会议决定。

（3）制订和完善实验室系列管理条例。科研课题管理办法、科研人员工作成绩奖励制度、财务管理条例、研究生管理办法等。并建立了一个由实验室主任、副主任、助理和高级研究人员组成的管理委员会，对实验室的各项科研与学术活动进行研究和讨论。实验室内部实行实验室、分室及课题组的分级管理体制，责任到人。在实验室总的管理原则指导下，各分室和课题组根据其内部的实际需要，制订具体的规章制度和仪器设备的操作规程。

（4）根据学科发展，制定实验室近期和中长期学科发展方向与目标，确定重点研究领域，确定新形势下的实验室开放方案，修订基金指南，审评开放基金课题，制订研究生培养的规程，确定集体导师制度。