作为西南地区较早独立设置药学学科的院校，万博水晶宫于1976年开始药学教育。多年来，药学院始终坚持“仁爱务实，精药济民”院训，坚持“立德树人”理念，积极推进研究生教育改革、不断提升研究生质量保障体系建设、加强导师队伍综合素质提升、促进学术学位与专业学位研究生教育协调发展，致力于为生物医药产业培养“懂医精药”的高级药学人才。
一、围绕地区、产业特色发展，不断优化结构布局
药学学科为广西一流学科（B类）。药学专业为国家级一流本科专业建设点和国家级特色专业并通过专业认证。2014年获批药学硕士专业学位授权点及广西新增博士学位授权点立项建设学科，2015年与中南大学和澳门科技大学联合培养博士，2018年获得药学硕士学位授权点。目前药学硕士专业学位点已形成2个稳定方向：临床药学及应用方向和药物研发与转化方向；药学硕士学位点涵盖5个二级学科，分别为：药物化学、药剂学、生药学、药物分析、药理学。
研究生培养依托国家药物Ⅰ期临床研究中心、国家中医药科研三级科研实验室、广西壮族万博水晶宫化药口服固体制剂质量和疗效一致性评价工程研究中心、广西高校重点实验室、广西八桂学者新药研究开发实验室、广西普通本科高校示范性现代产业学院等教学科研平台。2021年学院获得厅级以上纵向科研项目21项，获得纵向经755万元，横向项目19项，获得横向经费340万；发表高水平学术论文63篇，授权发明专利13项，科研成效显著。
学位点紧紧抓住国家当前高度重视发展民族医药和健康产业重大机遇，围绕广西九张名片之一以及重点打造的千亿元产业和战略性新兴产业之一的大健康产业，主动融入“一带一路”建设。以学院为主体，校企协同育人机制为保障，与桂林南药、莱茵、华诺威、广州博济、山东新时代等五家区内外知名企业共同成立了桂林医学院生物医药产业学院，于2021年入选广西普通本科高校示范性现代产业学院，并在苏州昆山组建桂林医学院生物医药产业学院苏州分院，推进“产学研用”的深度融合，提升学科在人才培养、科学研究及技术服务方面的水平，有效地服务产业经济发展。以产业学院为载体，开创的“产教融合，行业驱动”的地方医药院校药学一流专业人才培养新模式获2021年广西教学成果一等奖；积极与广西植物研究所、桂林医学院附属医院、桂林市人民医院等共建研究生实践教学基地。学位点获批以来，累计培养研究生470余人。大批优秀毕业生已成长为广西乃至全国医药卫生、教育科技、企业经营等领域的骨干力量。同时也作为卫生部临床药师培训和广西执业药师继续教育的重要培训基地，每年都为国家和地方医药领域培训2000余名高素质应用型药学人才。
二、深化教育教学改革，加强质量建设
加强研究生课程建设，提高研究生教学质量。根据教育部学位中心编制的《研究生核心课程指南》，完善研究生课程设置。根据研究生学科及学位类别，开设了具备专业特色又兼具实践性的专业课程，
突出培养研究生的专业水平、科研能力以及创新思维。秉承“学科专业一体化”的建设思路，以课程内容创新和教学模式转变为抓手，深化教育教学改革，不断提升人才培养质量。根据万博水晶宫制定的《桂林医学院研究生课程教学工作管理规定》等相关管理文件，规范研究生培养流程，建立了“督导为主、教评为辅”的督导体系，实现了对研究生培养各重要环节的质量把控。学位点借助教育部学位中心学位论文评审平台，对研究生学位论文评审实行100%盲评。近两年研究生开题、中期、盲审、答辩均为100%通过率，学位论文抽检合格率保持在100%。
服务地方经济需求，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，面向“健康广西2030规划”、广西大健康产业和千亿元民族医药优势特色产业，结合生物医药行业当前及未来对产业型人才的重大需求，依托药学广西一流学科强大的师资队伍、学科优势特色和广西丰富中医药资源，以智能药学和绿色制药等药物研究热点领域为核心研究方向，旨在培养掌握马克思主义基本原理和中国特色社会主义理论体系，具有良好的政治素质和职业道德，在新药研发，药物成果转化，药物生产，药物临床使用、监管与生产流通等具有较强的技术创新能力和解决实际问题能力的应用型高水平专门人才，服务于广西、珠三角、长三角等区域，为生物医药行业产业转型升级和创新发展提供强有力的人才支撑。
三、坚持立德树人，建设优秀师资团队
学院现有学术型硕士研究生导师27人，专业型硕士研究生导师117人，博士生导师3人。
学院秉承弘德善医，师道传承的育人理念，夯实教师“立德树人”职责，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，依据研究生群体特征，提高研究生导师思想政治理论任职标准，将思想政治教育贯穿培养全过程，落实立德树人根本任务。积极组织导师培训和学习，签订《桂林医学院师德师风承诺书》，规范研究生导师指导行为。健全教师考核激励机制，充分发挥学术委员会、教代会、教师工作部等组织在师德建设中的监督作用；完善教学督导、学生评教等评教体系，健全学术不端行为预防查处机制，落实师德“一票否决制”；开展师德师风建设年活动，以“优秀导师、优秀导师团队”、“研究生课程教学质量奖”、“教书育人综合业绩奖”、“青年五四奖章”、“每月名师”评选等为载体，选树优秀典型发挥“为学、为事、为人”的示范作用。2020-2021年获得桂林医学院教师教书育人综合业绩奖教师1名，“勤廉先进个人”教师1名，“优秀共产党员”教师14名，“优秀党务工作者”教师3名，优秀研究生导师和导师团队评选中获优秀研究生导师5名，优秀导师团队2个。