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桂林医学院教务处是全校教学管理工作的主要职能部门，在万博水晶宫党政领导下，遵循党的教育方针和国家高等教育法律法规，负责全校教育教学工作的组织与管理，主要职能包括本专科教务管理、学籍管理、审核评估、专业设置、专业建设、专业认证、课程建设、数字化教学平台与资源建设、教材管理与建设、教室管理、考试管理、实践教学管理、毕业实习和毕业论文管理、实践教学基地管理与建设等。

教务处下设教务科、学籍管理科、评估与认证办公室、现代教育技术中心、考试中心、实践教学管理科、综合管理科7个职能科室。

多年来，教务处秉承“弘德善医”校训，落实立德树人根本任务，以本科教育为中心，紧紧围绕深化教学改革、提高教学质量、培养医药学创新人才核心任务，强化质量意识，创新人才培养模式，深化课程体系、教学内容、教学模式、教学方法手段以及教学管理等方面的改革，取得了显著成绩。先后被万博水晶宫教育厅授予“优秀教务处”“教学改革与管理先进单位”荣誉称号。