基于GEO数据库的银屑病lncRNA筛选与ceRNA网络构建
范晓美1,2 栗铭钊1,2 牛牧田1,2 高进涛1,2
1. 桂林医学院智能医学与生物技术学院2. 桂林医学院生物化学与分子生物学重点实验室
摘要：目的：构建银屑病竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络，为银屑病发病机制提供生物信息学参考。方法：基于基因表达综合数据库(GEO)筛选差异表达的lncRNA并通过相关性分析找到与其相关的编码基因，进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用lncBase数据库预测lncRNA的靶向微小RNA(microRNA, miRNA);使用TargetScan数据库预测编码基因靶向miRNA;利用Cytoscape构建ceRNA网络。结果：本研究基于差异表达的lncRNA构建出6个lncRNA(LIN01094、LINC01215、KLF-AS1、TINCR、EMX2OS、C14orf132)介导的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络，显示这些lncRNA可能通过影响细胞周期、蛋白酶体、DNA复制、细胞因子-细胞因子受体的相互作用、FoxO信号通路等发挥作用。结论：差异表达的(lncRNA LIN01094、LINC01215、KLF-AS1、TINCR、EMX2OS、C14orf132)可能作为ceRNA发挥调控功能，参与银屑病发病。
关键词：银屑病;长链非编码RNA;竞争性内源RNA网络;
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